Dalsze dzieje Bobrownik związane są z historią Ziemi Dobrzyńskiej. Po koronacji Łokietka w 1320 r. Ziemia Dobrzyńska, a tym samym i Bobrowniki, stały się własnością królewską.
Jan Luksemburski roszczący sobie pretensje do korony polskiej biorąc udział we wspólnej wyprawie z Krzyżakami na Litwę zagarnął w 1329 r. Ziemię Dobrzyńską, a następnie w 1330 r. sprzedał ją Krzyżakom. Na mocy pokoju w Kaliszu w 1343 r., jaki zawarł Kazimierz Wielki z Krzyżakami, Ziemia Dobrzyńska, a wraz z nią Zamek w Bobrownikach wraca do Polski.
W 1377 r. Opolczyk oddaje Ziemię Dobrzyńską Krzyżakom w zastaw za sumę 40.000 zł. Krzyżacy chcąc wzmocnić swoje panowanie na Ziemi Dobrzyńskiej rozpoczynają budowę nowego, murowanego zamku w 1392 r., a w 1396 r. zamek stanowił już potężną twierdzę. W 1403 r. Wielki Mistrz Zakonu Krzyżackiego Konrad von Jungingien nadaje osadzie Bobrowniki prawa miasta na 52 włókach Chełmińskich. W statucie miejskim nazwa Bobrownik brzmi "Stadt Beberen".

 
Akt nadania Bobrownikom praw miejskich

W roku 1404 na Zjeździe w Raciążku Jagiełło pertraktuje z Krzyżakami o zwrot Ziemi Dobrzyńskiej. W roku 1405 Ziemia Dobrzyńska, a tym samym i Bobrowniki wracają do Korony.
W roku 1409 zamek Bobrownicki został napadnięty przez wojska krzyżackie i według wszelkiego prawdopodobieństwa w wyniku zdrady ówczesnego dowódcy Warcisława Gotartowicza udało się Krzyżakom zdobyć twierdzę.
W roku 1410 wojska Władysława Jagiełły w czasie kampanii grunwaldzkiej zdobyły zamek w Bobrownikach.
Początek XV wieku to rozkwit gospodarczy Bobrownik i stabilizacja życia w grodzie.
W XVI i XVII wieku zamek spełniał podwójną rolę. Była to siedziba władz oraz urzędów podległych staroście jak również budowla obronna W Bobrownikach były dwa sądy - sąd ziemski i sąd miejski.
W okresie wojen szwedzkich 1655-1660 zarówno zamek jak i znaczna część miasta została zamieniona w gruzy. Od tej pory zamek już nigdy nie był odbudowany i do dnia dzisiejszego pozostały tylko fragmenty murów.
W wieku XVIII następuje powolna lecz ciągła odbudowa i rozbudowa miasta. Zachodzą istotne zmiany na obszarach okalających Bobrowniki. Od początku XVIII wieku trwa zasiedlanie ziem przynależnych starostwu przez kolonistów niemieckich. Skutkiem powyższego pod koniec XIX wieku gmina Bobrowniki zamieszkana była w 50% przez ludność narodowości niemieckiej.
We wsiach Bógpomóż, Rybitwy ludność niemiecka stanowiła 100%. We wsiach Gnojno, Białe Błota około 90%.
Na początku XVIII wieku po odbudowaniu zniszczeń z okresu "potopu szwedzkiego" ożywia się miasto, lecz konkurencja Lipna sprawia, że Bobrowniki nie mają szansy na pełne dźwignięcie się.
Koniec wieku XVIII to początek zmierzchu miasta Bobrowniki. W roku 1868 zostało skreślone dla Bobrownik miano "miasto" a zastąpiono je - osadą.
W roku 1868 utworzona zostaje gmina Bobrowniki i powołano nowe władze dla tej jednostki. W roku 1872 oddano do użytku budynek, z przeznaczeniem na siedzibę władz gminnych.
Przed wybuchem I wojny światowej gmina Bobrowniki zaliczana była do gmin przygranicznych. Wisła była poważną arterią transportu. W Nieszawie i Bobrownikach zatrzymywały się barki, statki i tratwy przed odprawą celną.
Po I wojnie światowej w skład gminy Bobrowniki wchodziły następujące sołectwa : Bógpomóż, Polichnowo, Gnojno, Maliszewo, Komorowo, Brzeźno, Białe Błota, Rybitwy, Bobrownickie Pole i Bobrowniki.
Po zakończeniu II wojny światowej gmina pozostała w granicach sprzed 1939 roku.
W latach 1954 do 1961 następują częste reorganizacje i nowe podziały administracyjne gminy Bobrowniki.
Z dniem 1 stycznia 1976 roku gmina Bobrowniki została zlikwidowana.
W wyniku zmian politycznych w kraju i staraniom mieszkańców z dniem 1 października 1982 roku reaktywowano gminę Bobrowniki, lecz pomniejszono ją terytorialnie.
Powyższe dane podano na podstawie Kroniki, która została spisana w oparciu o niżej podane materiały :
1. Bielski - Kronika Polska
2. Biernacki W. - Tropami dziejów i dnia dzisiejszego Bobrownik (maszynopis z 1963 r.)
3. Thom K - Beberen (wydanie w języku niemieckim z 1939r.)
4. Zawidzki K - Charakterystyka geograficzno-gospodarcza gromady Bobrowniki (praca dyplomowa) ZSN Toruń 1965r.